眼见自己的族人遭到人类无情鞭打，一旁的凯撒再也忍无可忍，于是他愤怒的就站了出来。凯撒的举动顿时引得猩猩群体响应，他们纷纷停下手中动作，然而却也因此惹怒了上校。他不但一枪干掉了年迈的老猩猩，反手又将枪口对准了凯撒。危急关头，一只母猩猩艰难地将巨石举过头顶，向人类做出了妥协。而其余猩猩也纷纷开始了效仿。
见自己目的达成，上校便让小金刚将凯撒绑了起来。而这一切也都被远处的军师几人看到，他们当即决定筹划营救。而这时的坏猴却震惊的发现，不得不说，这搞笑来的实在太突然。
不久凯撒又被带到上校面前，在这里凯撒说出了自己的猜测，这个军营可能出了问题。他们之所以着急修筑防御工事，很可能和即将到来的北方军有关。上校见凯撒聪明至极，于是也不再隐瞒。原来士兵们在和猿族交战后，接连出现口鼻流血、语言能力退化的情况，很明显他们是感染了猿流感。
为防止病毒扩散，上校果断处决了所有感染的士兵，其中也包括他的儿子。而北方军在得知这一消息后，也为了防止病毒扩散，正赶来消灭他们的路上，这也是上校急于修建防御工事的原因。
次日士兵们运来了食物和水，虽然并不可口，但却是族人们几日来唯一吃到的食物。他们深知这是凯撒忍辱负重换来的。与此同时，为了营救凯撒和族人，军师几人找到了一条通往外界的隧道。随即军师和火箭进入洞穴查看情况，留下坏猴和诺娃在外面监控。
而此时备受折磨的凯撒，身体也已煎熬到了极致。恍惚间，他似乎看到了科巴在向自己缓缓走来，这时也才看清是上校来到他的面前。随后上校不管凯撒的死活，直接命人将他丢进了铁笼里。看着已经奄奄一息的凯撒，单纯的诺娃不顾坏喉反对，径直就走进了军营，为饥寒交迫的凯撒送来食物和水。也正是因为诺娃的举动，才让凯撒穿过了这个艰难的夜晚。
这时一队巡逻兵突然出现，眼见诺娃已无藏身之处，此时火箭义无反顾的就站了出来，并成功为诺娃制造了逃生时机。最终在被小金刚一顿爆锤后，也同样被送进了铁笼。不过这也给他们里应外合创造了时机。
到了次日晚上，火箭故意用计将士兵惹怒，军师则趁机一把将其拖入密道中，并成功拿到了囚笼的钥匙。至此，一场大型的猴子越狱行动就此展开。在凯撒的指挥下，所有的幼年猩猩都顺着钢索，成功和成年猩猩会合。接着又在军师的接应下，猩猩们全都顺利逃离了这座囚笼。
然而凯撒却并未选择离开，因为此时他的心里只有仇恨。可就在这时，防空警报突然响起，看来北方军的先锋部队已经杀了过来，整个营地顿时火光冲天。可奇怪的是，在这危难关头却始终不见上校的影子。而等凯撒悄悄潜伏进上校房间也才发现，原来这个不可一世的狂人，自己也感染了猿流感，彻底变成了一个哑巴。
上校痛苦地祈求凯撒杀了他。然而此时凯撒似乎也理解了上校，自己终于在这一刻放下了心中仇怨。就当凯撒走出房间的那一刻，上校也结束了自己罪恶的一生。与此同时，外面士兵还在对北方军进行疯狂的抵抗。此时正在撤退的猿族大军恰巧被他们发现，于是士兵当即调转枪口，把怒火全都发泄在了猿族身上。
整个现场顿时惨叫声一片，看着同伴接连被射杀，一旁的小金刚终是于心不忍。而就当他转身拿弹药之时，一个熟悉的身影却突然映入眼帘，而来人也正是凯撒。为了猿族的未来，他不顾生命危险冲进了漫天硝烟中，目标直指泄露的燃油。看到这一幕的小金刚终于渐渐醒悟。
然而就在关键时刻，凯撒却不幸被一剑击中要害，他强撑着剧痛想要捡回手雷解救猿族。可这时一旁的士兵已拿着弩箭缓缓逼近，就当他准备将凯撒终结时，突然一颗榴弹将士兵炸成了粉末。令所有人都意想不到是，这竟是小金刚在危难关头救下了凯撒，但他的生命也在此刻走到了尽头。
不过这也给凯撒赢得了时机，只见他迅速捡起手雷丢向燃油罐，随着剧烈的爆炸声响起，整个营地都在顷刻间被夷为平地。而凯撒因为及时跑人密道，这也才幸免于难。紧接着大批的北方军也开始向营地挺进。
就当他们为胜利欢呼雀跃时，却不料剧烈的爆炸竟引发了雪崩。此时想逃已然是来不及了，所有人都在顷刻间被吞噬殆尽。而猿族则靠着自己的先天优势，纷纷爬到树上躲避。待一切平静下来后，所有的猿类全都安然无恙，而人类大军却在这场灾难中全军覆没。
在故事的最后，凯撒带领族人踏上了迁徙的征途。他们一路跋山涉水，不知道在走了多久后，他们终于抵达了一个远离人类的新家园。可此时凯撒的伤势已是愈发严重，看着族群们已经安定下来，他终于放下了心中的重担，平静走完了自己的传奇一生。
不过猩球崛起4的故事也即将开始，就让我们一起期待吧。